Решение Апелляционной комиссии Министерства финансов Республики Казахстан
(октябрь 2026 года)
НДС завышение и занижение облагаемого оборота
1. Вид спора: налоговые споры
2. Категория налогоплательщика: юридическое лицо
3. Вид налога: НДС
Министерством финансов Республики Казахстан (далее-уполномоченный орган) получена апелляционная жалоба Компании «M» на уведомление о результатах проверки территориального Департамента государственных доходов (далее - орган государственных доходов) начисления НДС.
Как следует из материалов дела, органом государственных доходов проведена тематическая проверка Компании «M» по вопросу исполнения налогового обязательства по отдельным видам налогов и (или) других обязательных платежей в бюджет за период с 19.05.2024г. по 31.12.2025г., по результатам которой вынесено уведомление о начислении налога на добавленную стоимость на произведенные товары, выполненные работы и оказанные услуги на территории Республики Казахстан (НДС) в сумме 545 860,8 тыс.тенге и пени 147 220,2 тыс.тенге.
Компания «M», не согласившись с выводами налогового органа, обратилась с апелляционной жалобой, в которой просит отменить решение налогового органа.
Основанием для начисления обжалуемой суммы налога и соответствующей суммы пени явилось нарушение статей 369, 400, 421 Налогового кодекса начислен НДС в сумме 545 860,8 тыс.тенге, в том числе за 3 квартал 2024г. 262 959, 2 тыс.тенге; за 4 квартал 2024г. 150 462,1 тыс.тенге; за 1 квартал 2025г. 52 348,5 тыс.тенге; за 3 квартал 2025г. 27 915,9 тыс.тенге; за 4 квартал 2025г. 51 781,6 тыс.тенге по занижению облагаемого оборота, за 3 квартал 2024г. 393,5 тыс.тенге по завышению суммы НДС, отнесенного в зачет..
С данным выводом налогового органа Компания «M» не согласна, так как, по результатам налоговой проверки налоговым органом необоснованно включены в расчет ЭСФ, которые на момент проведения проверки были аннулированы и в ИС ЭСФ имеют соответствующий статус. Аннулированные электронные счета-фактуры, были аннулированы по причине «Создана исправленная ЭСФ». Следовательно, первоначальные электронные счета-фактуры утратили юридическую силу и были заменены исправленными электронными счетами-фактурами.
Компания «M» в жалобе отмечает, что по аннулированным электронным счетам-фактурам общий оборот по реализации составляет 181 550,4 тыс.тенге, НДС в сумме 21 786,0 тыс.тенге за 3 квартал 2024г.
В жалобе отражено, что аннулированные электронные счета-фактуры не подтверждают факт возникновения самостоятельного облагаемого оборота и не могут использоваться в качестве основания для определения налоговых обязательств по НДС. Их включение в расчет привело к завышению облагаемого оборота и, как следствие, к необоснованному начислению налога.
Проверив доводы Компании «M», исследовав представленные налоговым органом материалы, уполномоченный орган пришел к следующим выводам.
В соответствии с подпунктом 1) пункта 1 статьи 369 Налогового кодекса облагаемым оборотом является оборот, совершаемый плательщиком налога на добавленную стоимость по реализации товаров, работ, услуг, за исключением необлагаемого оборота, указанного в статье 370 Налогового кодекса.
Согласно пункту 1 статьи 400 Налогового кодекса суммой налога на добавленную стоимость, относимого в зачет получателем товаров, работ, услуг, являющимся плательщиком налога на добавленную стоимость в соответствии с подпунктом 1) пункта 1 статьи 367 Налогового кодекса, признается сумма налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате за полученные товары, работы и услуги, если они используются или будут использоваться в целях облагаемого оборота по реализации.
Пунктом 1 статьи 421 Налогового кодекса определено, что налог на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, начисленного по облагаемому импорту, исчисляется за налоговый период в следующем порядке:
сумма налога на добавленную стоимость, начисленного с облагаемого оборота,
минус
сумма налога на добавленную стоимость, разрешенного к отнесению в зачет, определенная в соответствии со статьями 408, 409 и 410 Налогового кодекса,
минус
дополнительная сумма налога на добавленную стоимость, относимого в зачет, определенная в соответствии со статьей 411 Налогового кодекса.
В рассматриваемом случае, согласно налоговой проверки и информации Департамента государственных доходов установлено, что по сведениям ИС ЭСФ облагаемый оборот по реализации товаров (работ, услуг) и представленным Компанией «M» бухгалтерским регистрам за 3 квартал 2024г. составил в сумме 2 765 931,0 тыс.тенге, НДС в сумме 295 431,2 тыс.тенге.
В декларации по НДС (ф.300.00 за 3 квартал 2024г.) Компанией «M» отражен облагаемый оборот в размере 270 599,4 тыс.тенге, НДС в сумме 32 471,9 тыс.тенге.
Таким образом, в нарушение требований статей 369, 421 Налогового кодекса Компанией «M» допущено занижение облагаемого оборота на сумму 2 495 331,6 тыс.тенге и НДС на сумму 262 959,2 тыс.тенге.
Согласно декларации по НДС (ф.300.00 за 3 квартал 2024г.) НДС отнесенный в зачет составляет 26 752,1 тыс.тенге, по данным ЭСФ сумма НДС составляет 26 358,6 тыс.тенге. Таким образом, в нарушение статьи 400 Налогового кодекса завышен НДС, отнесенного в зачет на сумму 393,5 тыс.тенге.
В соответствии с пунктом 3 статьи 412 Налогового кодекса счет-фактура в электронной форме выписывается в информационной системе электронных счетов-фактур в порядке и по форме, которые определены уполномоченным органом.
Согласно пункту 3 статьи 413 Налогового кодекса исправленный счет-фактура выписывается при необходимости внесения изменений и дополнений в ранее выписанный счет-фактуру.
Приказом Первого заместителя Премьер-Министра Республики Казахстан - Министра финансов Республики Казахстан от 22.04.2019г. № 370 утверждены Правила выписки счета-фактуры в электронной форме в информационной системе электронных счетов-фактур и его формы (далее - Правила), действовал до 01.01.2026г.
Пунктом 25 Правил предусмотрено, что исправленный ЭСФ выписывается по форме, действующей на дату выписки исправленного ЭСФ.
Согласно пункту 26 Правил, при выписке исправленного ЭСФ аннулируются ЭСФ, к которым выписывается исправленный ЭСФ и все дополнительные ЭСФ, выписанные к аннулируемому ЭСФ.
При этом пунктом 27 Правил предусмотрено, что в случае, если к ранее выписанному ЭСФ имеется дополнительный ЭСФ, то при выписке исправленного ЭСФ в строках 4.1, 4.2 и 4.3 указываются дата выписки, регистрационный номер и номер учетной системы ЭСФ, к которому выписывается исправленный ЭСФ.
При этом для восстановления, ранее выписанного и аннулированного дополнительного ЭСФ необходимо выписать дополнительный ЭСФ к исправленному ЭСФ в течение семи календарных дней с даты выписки исправленного ЭСФ.
При отклонении СНТ получателем выписка исправленного ЭСФ на основе СНТ осуществляется не позднее 3 (трех) рабочих дней после даты отклонения СНТ.
В ходе рассмотрения жалобы, органом государственных доходов предоставлена информация по аннулированным электронным счетам-фактурам, по которым оборот по реализации составляет 181 550,4 тыс.тенге, НДС в сумме 21 786,0 тыс.тенге:
В рассматриваемом случае, согласно налоговой проверки расчет был произведен исходя из первичных и учетных данных Компании «M» с последующим сопоставлением с ИС ЭСФ.
На основании изложенного включение вышеуказанных ЭСФ при определении облагаемого оборота по НДС за 3 квартал 2024г. и соответствующее начисление НДС в сумме 21 786,0 тыс.тенге по результатам тематической налоговой проверки является обоснованным.
По результатам заседания Апелляционной комиссии, принято решение - оставить обжалуемое уведомление о результатах проверки без изменения, а жалобу без удовлетворения.
