Между Казахстаном и Россией заключена Конвенция об избежании двойного налогообложения. Положение Конвенции между Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерации об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал  (Москва, 18 октября 1996 года) (далее - Конвенция), применяются «к лицам, которые являются резидентами одного или обоих Договаривающихся Государств» (ст.1 Конвенции) и относительно налогов, одним из которых, является «подоходный налог с граждан» (п.3 ст.2 Конвенции).

В соответствии с п.1 ст.15 Конвенции, заработная плата и другие подобные вознаграждения, получаемые резидентом Договаривающегося Государства в связи с работой по найму облагаются налогом только в этом Государстве, если только работа по найму не осуществляется в другом Договаривающемся Государстве. Если работа по найму осуществляется таким образом, получаемое в связи с этим вознаграждение, может облагаться налогом в этом другом Государстве. 

Следует отметить, что слово "может" означает право государства, в котором работа по найму фактически осуществляется (то есть выполняется там, где наемный работник физически присутствует), облагать указанные вознаграждения по своему налоговому законодательству. 

В соответствии с подпунктом 6 пункта 1 статьи 208 Налогового кодекса Российской Федерации (далее – НК РФ) вознаграждение за выполнение трудовых или иных обязанностей, выполненную работу, оказанную услугу, совершение действия в Российской Федерации относится к доходам от источников в Российской Федерации.

Следовательно, заработная плата и другие подобные вознаграждения является доходом физического лица. Соответственно при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц (далее – НДФЛ) учитывается заработная плата, как в денежной, так и в неденежной форме.

В связи с этим, по общему правилу, в силу того, что в России заработная плата и другие подобные вознаграждения облагаются НДФЛ, то обязанность по его уплате должна исполняться именно в России. 

Однако если, вознаграждение, получаемое физическим лицом - резидентом РК в связи с работой по найму, осуществляемой в России, облагается налогом только в Казахстане, если одновременно выполняются все условия, указанные в п.2 ст.15 Конвенции:

а) получатель находится в России в течении периода или периодов, не превышающих в совокупности 183 дней в течение любого 12-месячного периода; 

б) вознаграждение выплачивается нанимателем, или от имени нанимателя, не являющегося резидентом России; 

в) вознаграждение не выплачивается постоянным учреждением или постоянной базой, которую наниматель имеет в России. 

Если хотя бы одно из условий п.2 ст.15 Конвенции не выполняется, налоговые органы России вправе облагать вознаграждение наемного работника нерезидента, полученное за работу, фактически осуществляемую в России, в соответствии с правилами, установленными налоговым законодательством РФ.

Если более 183 дней (более полугода) Вы находились на территории Российской Федерации, то для целей налогообложения Вы признаетесь налоговым резидентом России и, соответственно, по всем полученным доходам отчитываетесь в налоговом органе России.

Таким образом, обоснованием, того, что налоговое обязательство по подоходному налогу исполняется, только в одном государстве (России или Казахстане) является вышеупомянутые статьи Конвенции. В казахстанском органе государственных доходов факт нахождения на территории России вы можете подтвердить регистрацией, наличие жилья (договор найма, предоставление жилья нанимателем и т.п.), выполнение трудовых обязанностей у российского нанимателя на территории России и др.